Mark of the Deep conta a história do pirata Marcus “Rookie” Ramsey e de sua tripulação desaparecida numa mística ilha amaldiçoada. No caminho de Rookie para salvar seu bando estarão diversos perigos, mitos e lendas e um universo hostil dominado por criaturas abissais que tomaram conta dessa ilha amaldiçoada. Assim, o pirata explora ambientes, coleta relíquias e desvenda diversos segredos da ilha do povo ancião e seu patrono, Leviatã.